電影: Kappei Yamaguchi

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梵高名畫《向日葵》被發現，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件。...

傳奇海賊獅鬼再度現身東方藍海域，打算摧毀世界政府。他擄走奈美，草帽海賊團則勇闖一座奇異之地。...

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專針對警察的連續殺人案件發生了，警察內部引起巨大的回響。對於想得到案件情報的小五郎，目暮警部卻意外地守口如瓶。看到如此情況的柯南，聯想到事情可能和警察內部有莫大的關係。然後，下一個被槍擊的目標居然是佐藤刑警，正好也在案發現場的小蘭受到案件的刺激而失去記憶。兇手為了滅口，就企圖把唯一的目擊證人—小蘭殺害。深知情況嚴重的柯南，為了保護小蘭，不惜孤身犯險去把犯人找出來。...

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毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。「藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……」——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。...

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東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盜賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。同時間，小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前藥師如來佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。 服部亦因殺人案，前往京都調查事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調查兩宗事件，發現兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盜竊事件。在調查期間亦發生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被...

朝倉都知事收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由都知事主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取都知事性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉都知事歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裏...

擁有「火紅眼」少數民族「窟盧塔族」居住在滿載自然資源的美麗森林中，他們嚴守族裡的規定在森林裡生活，亦不能前往外面的世界。平靜的日子卻因為危險程度達S級的強盜集團「幻影旅團」的到來，而有了天翻地覆的轉變。 「幻影旅團」殲滅所有眼睛會在情緒亢奮時變成紅色，被譽為世界七大美色之一的「窟盧塔族」，在這次災難中倖存的少年酷拉皮卡，誓言復仇，並因此成為一名獵人。 小傑與奇犽為尋找身為偉大獵人的父親而繼續前行，但卻收到一則令人震驚的消息：酷拉皮卡的眼睛竟被奪走！沒有人曉得是不是「幻影旅團」所為，當小傑一行等人...

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

開場由警官驅車追捕兩個搶超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的駕駛技術迫使罪犯的汽車翻車，當問及作案動機時，罪犯吐出在神海島上有「Jolly Roger」。 而柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安·寶尼」、「瑪麗·麗德」所遺留下來的寶藏傳說。 在毛利小五郎的帶領下，小五郎、小蘭、園子、阿笠博士、少年偵探團一行人來到神海島。小蘭與園子在海底宮殿附近海底潛水，少年偵探團則在玩神海島觀光安排的...

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