電影: Nobuaki Kanemitsu

斧江財團位於北海道函館的收藏庫，收到了來自怪盜基德的預告信。 基德這次的目標，是與幕末的新選組副長．土方歲三有關的日本刀。尋求大寶石的基德，為何會盯上刀……？另一方面，關西的名偵探．服部平次與柯南等人，也為了在函館舉辦的劍道大賽而造訪當地，預告犯罪日當天，平次成功識破基德的偽裝，並將他逼入絕境，然而……！？ 同一時間，在函館倉庫街上發現一具胸前有十字刀痕的遺體。在調查過程中浮出水面的，是在亞洲一帶以軍火商身分行動，被稱為「死亡商人」的日裔美籍男子。 他在尋找戰時與軍需產業有密切關係，斧江家第一...

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在網路世界中，奧米加獸與啟示錄獸死後邪惡的化身梅菲斯獸交手。奧米加獸指出梅菲斯獸意欲危害全世界，要置其於死地，卻不慎被它逃到現實世界。現實世界裡，啟人暑假為了代替父母掃墓來到沖繩，與表兄弟浦添海救下了一個被數碼獸追趕的少女上原美波。這些數碼獸，似乎想要搶奪少女所帶的手提電腦。備受歡迎的電子寵物V-Pet背後，到底隱藏著什麼陰謀？為保護美波而誕生的石獅獸，究竟有何不同尋常之處？現實世界出現了一群邪惡的數碼獸襲擊人類的電腦系統，使全世界陷入一片恐慌之中，啟人遇到了危險，留姬和健良也分別遭遇邪惡數碼獸...

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